Biara Jerónimos menggantikan gereja yang dahulunya wujud di tempat yang sama, yang didedikasikan untuk Santa Maria de Belém dan di mana sami-sami tentera-agama Order of Christ memberikan bantuan kepada pelaut dalam persinggahan.[2] Pelabuhan Praia do Restelo adalah tempat yang berfaedah untuk pelaut, dengan tempat berlabuh yang selamat dan perlindungan daripada angin, dicari oleh kapal yang memasuki muara Tagus.[3] Tstruktur sedia ada telah dirasmikan atas arahan Manuel I (1469–1521) di mahkamah Montemor o Velho pada tahun 1495, sebagai tempat berehat terakhir untuk ahli Wangsa Aviz, dalam kepercayaannya bahawa kerajaan dinasti Iberia akan memerintah selepas kematiannya.[4] Pada tahun 1496, Raja Manuel memohon kepada Holy See untuk mendapatkan kebenaran untuk membina sebuah biara di tapak tersebut.[2] The Hermitage of Restelo (Ermida do Restelo), sebagai gereja diketahui, sudah rosak apabila Vasco da Gama dan orang-orangnya bermalam dalam solat di sana sebelum berlepas ke ekspedisi ke Timur pada tahun 1497.[3][5]